На сьогодні музей має три зали, матеріали в яких розміщені за хронологічним принципом.

Перший зал присвячений першим сторінкам історії нашого навчального закладу з часів його за­снування - 1805 року. Серед експонатів цього залу: копія указу імператора Олександра І із дозволом на будівництво в Ніжині навчального закладу, баре­льєфи братів Безбородьків - Олександра та Іллі, за­сновників Гімназії вищих науку Ніжині, атестат гімна­зиста часів Юридичного ліцею, нагрудні значки вик­ладача та студента Історико-філологічного інституту, фізичні прилади першої половини XIX ст. тощо.

У різні часи наш навчальний заклад змінював назви та профілі підготовки: Гімназія вищих наук князя Безбородька (1820-1832), Фізико-матема-тичний ліцей (1832-1840), юридичний ліцей (1840-1875), Історико-філологічний інститут (1875-1919). Саме цей період висвітлюється у фотокартках, документах, експонатах першого залу.

Складному та неоднозначному періоду Радян­ського союзу та діяльності вузу в ці роки присвячена друга кімната, експозиція якої охоплює період з 1920 по 1995 pp. Роки громадянської війни, сталінські репресії, період Великої Вітчизняної війни, повоєнні роки, фундаментальні 60-70-ті та перші роки незалежності - ось ті основні віхи, які висвітлені в експонатах цього залу.

Наша сучасність, сьогодення університету знайшли своє втілення в матеріалах, що знаходяться у третьому залі музею. Чим зараз живе вуз, які струк­тури, факультети, підрозділи, кафедри функ­ціонують, та багато іншого - про все це можна дізнат­ися з експонатів цієї кімнати, що постійно оновлюється.

Офіційною датою заснування музею М. Гоголя в Ніжині вважається 1909 рік, коли урочисто святкували 100-річчя з дня народження автора «Ревізора» і «Мертвих душ». Тоді група професорів Ніжинського історико-філологічного інституту (М.Н. Сперанський, В.І. Рєзанов, П.О. Заболоцький) організували Гоголівську кімнату як початкову форму майбутнього музею.

Під час святкування 125-річчя з дня заснування інституту її відвідали письменники М. Рильський, П. Тичина, В. Сосюра, А. Малишко. Тоді ж було ви­словлено побажання перетворити кімнату на музей Гоголя. Це здійснилося в 1964 році. А 7 липня 1967 року Колегія Міністерства культури УРСР присвоїла йому звання Народного музею.

У 1989 році експозиція музею М. Гоголя була докорінно перероблена. Основний напрям роботи визначився поставленою метою - якнайповніше висвітлити життя видатного письменника та його творчість ніжинського періоду, зв'язки з Чернігівщиною.

2002 року у пам'ять про 150 річницю з дня смерті великого письменника було оновлено експозицію.

У 1821 році у стінах Гімназії вищих наук князя Безбородька з'явився невисокий, хворобливого вигляду, трохи сором'язливий юнак - Микола Гоголь-Яновський, якому через кілька десятиліть судилося стати великим письменником. Сім років свого життя (з 1821 по 1828 pp.) Микола Гоголь присвятив Ніжи­ну та Гімназії.

У музеї знаходяться портрети батька та матері письменника, тут же портрет 12-річного Гоголя, на­писаний художником Д. Варакутою. Серед інших експонатів: фотокопії портретів викладачів та гімна­зистів, програм, навчальних планів, сторінок книг обліку успішності, конспекти та підручники гімна­зистів гоголівських часів.

Особливу цінність становлять книги та фізичні прилади, якими користувалися гімназисти першої половини ХГХ ст. під час навчання. У залі музею - меблі ХТХ ст., дзеркало, які свідчать про особливості інтер'єру того часу, письмовий стіл із двома кріслами, туалетний столик, кабінетна шафа, створені в дусі традицій відомого майстра меблів Шарля Артура Буля.

Картинна галерея НДУ - одне з найцінніших художніх зібрань України, у трьох залах якої представлений живопис різних епох.

• 2001 р. Створено навчально-методичний центр у м. Прилуках.
• 2002 р. У пам’ять про 150 річницю з дня смерті М.В.Гоголя в університеті відкрито оновлений Музей М.В.Гоголя.
• 2004 р., 15 жовтня. Розпорядженням Кабінету Міністрів України (744-р) на базі педагогічного університету створено Ніжинський державний університет імені Миколи Гоголя.
• 2005 р., 18 березня. Зустріч колективу університету з народним депутатом Верховної Ради V скликання, головою Комітету з питань прав людини Г.Й.Удовенком.
• 2005 р., 25 травня. Приїзд до університету Голови Верховної Ради В.М.Литвина.
• 2005 р., 25 жовтня. Зустріч викладачів і студентів університету з творчою групою програми «Історія в іменах».
• 2005 р., 28 жовтня. Святкування 200-річчя від дня заснування Ніжинської вищої школи. Вітальні телеграми надійшли від Президента України В.А.Ющенка, Голови Верховної Ради України В.М.Литвина, Міністра освіти і науки України С.М.Ніколаєнка.
• 2006 р., 10 лютого. На конференції трудового колективу відбулися вибори ректора університету. Ним став доктор політичних наук, професор Бойко Олександр Дмитрович.

• 2001 р. Створено навчально-методичний центр у м. Прилуках.
•   2002 р. У пам’ять про 150 річницю з дня смерті М.В.Гоголя в університеті відкрито оновлений Музей М.В.Гоголя.
•   2004 р., 15 жовтня. Розпорядженням Кабінету Міністрів України (744-р) на базі педагогічного університету створено Ніжинський державний університет імені Миколи Гоголя.
•   2005 р., 18 березня. Зустріч колективу університету з народним депутатом Верховної Ради V скликання, головою Комітету з питань прав людини Г.Й.Удовенком.
•   2005 р., 25 травня. Приїзд до університету Голови Верховної Ради В.М.Литвина.
•   2005 р., 25 жовтня. Зустріч викладачів і студентів університету з творчою групою програми «Історія в іменах».
•   2005 р., 28 жовтня. Святкування 200-річчя від дня заснування Ніжинської вищої школи. Вітальні телеграми надійшли від Президента України В.А.Ющенка, Голови Верховної Ради України В.М.Литвина, Міністра освіти і науки України С.М.Ніколаєнка.
•   2006 р., 10 лютого. На конференції трудового колективу відбулися вибори ректора університету. Ним став доктор політичних наук, професор Бойко Олександр Дмитрович.
•   2006 р., 20 лютого. Зустріч колективу університету з Міністром освіти і науки України С.М.Ніколаєнком.
•   2006 р., 4 вересня. Участь студентів і викладачів університету у відзначенні 125-річчя з дня встановлення першого в світі пам’ятника М.В.Гоголю.
•   2006 р., 20 грудня. Гість Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя – Надзвичайний і Повноважний Посол Канади в Україні Абанна Данн.
•   2007 р., 5 березня. З лекцією «Конституційна реформа в Україні» перед студентами та викладачами історико-юридичного факультету виступив народний депутат України, заступник Голови ВР Микола Томенко.
•   2007 р., вересень. Факультет психології та соціальної роботи відзначив перший ювілей - п’ять років свого існування.
•   2007 p., вересень. На фасаді Гоголівського корпусу відкрито меморіальну дошку відомому славісту, одному з основоположників білоруського мовознавства й літературознавства, випускникові Ніжинського історико-філологічного інституту (1885 р.) академіку Ю.Ф.Карському.
•   2007 р., жовтень. Відбулася зустріч студентів і викладачів університету з шеф-редактором телевізійного проекту «Великі українці» Вахтангом Кіпіані.
•   2007 р., листопад. В університеті був відзначений 125-річний ювілей історико-юридичного факультету.
•   2008 р., 24 січня. В університеті пройшли Всеукраїнські наукові читання «Українська революція 1917-1921 рр.: подвиг героїв Крут», організовані Українським інститутом національної пам’яті, Інститутом історії України НАНУ, Чернігівською обласною державною адміністрацією, Ніжинським державним університетом імені Миколи Гоголя та Сіверським інститутом регіональних досліджень.
•   2008 р., 20 березня. На базі НДУ імені Миколи Гоголя відбувся круглий стіл з питань співпраці між Ніжинським університетом, управлінням освіти ЧОДА та структурами управління освіти області.
•   2008 р., 26-30 березня. Участь молодіжного хору університету «Світич» у Міжнародному фестивалі церковної музики «VIRGO LAURETANA» В\в місті Лоретто, Італія.
•   2008 р., квітень. Проведення VII Всеукраїнського юніорського конкурсу вокальної, диригентської та інструментально-виконавської майстерності.
•   2008 р., 23 травня. На базі університету пройшло зовнішнє тестування з географії.
•   2008 р., 23-24 травня. З ініціативи посольства України в Республіці Білорусь та Мінського товариства українців «Заповіт» на базі університету була проведена Міжнародна конференція «Україно-Білоруські культурні зв’язки: історія і сучасність».
•   2008 р., вересень. На базі факультету іноземних мов відбувся Міжнародний науковий семінар «Новітні інформаційні технології».
•   2008 р., 27 вересня. Віце-спікер ВР, народний депутат України Микола Томенко в стінах університету провів презентацію трьох аудіодисків «Головні пісні України», «Класика української літератури: живі голоси» та «Живий голос Василя Симоненка».
•   2008 р., 30 вересня. Університет відвідав відомий московський журналіст-аналітик Л.Парфонов із знімальною групою, що працює над створенням двосерійного фільму про М.В.Гоголя.
•   2008 р., жовтень. Участь молодіжного хору «Світич» у Всеукраїнській хоровій асамблеї «VIVAT AKADEMIA!» (Національна музична академія України імені П.І.Чайковського).
•   2008 р., жовтень. На базі факультету іноземних мов університету проведено Міжнародну наукову конференцію «Інновації у вищій школі».
•   2008 р., 28-30 жовтня. Делегація НДУ імені Миколи Гоголя взяла участь у Міжнародному слов’янському форумі студентської молоді країн співдружності: Росії, України, Республіки Білорусь «Нам этот мир завещано сберечь».
•   2008 р., жовтень. Гастрольна поїздка молодіжного хору університету «Світич» до Республіки Білорусь.
•   2008 р., листопад. Ректор університету з робочим візитом відвідав ряд вищих навчальніх закладів столиці Республіка Білорусь.
•   2008 р., грудень. В університеті традиційно відбувся VII конкурс «Міс університет».
•   2008 р., грудень. Ректор університету і проректор з наукової роботи та міжнародних зв’язків відвідали Республіку Польща. Під час візиту були проведені переговори щодо налагодження тісної співпраці з вищими навчальними закладами Польщі та нашого університету.
• 2009 р. 22 січня. У день 90-ї річниці Соборності України в м. Батурині на території Національного історико-культурного заповідника „Гетьманська столиця” була відкрита композиція „Гетьманська слава” за участі Президента України В.А. Ющенка, на церемонії відкриття пам’ятника була присутня делегація студентів та викладачів Ніжинського державного університету імені М.Гоголя.
• 2009 р. 23 січня. У місті Бровари Київської області відбувся Міжобласний науково-методичний семінар викладачів іноземної мови „Шляхи формування в учнів позитивної мотивації до вивчення іноземних мов”, у роботі якого взяли участь викладачі факультету іноземних мов НДУ імені Миколи Гоголя.
• 2009 р. 4 березня. На базі НДУ імені Миколи Гоголя відбулися Всеукраїнські лінгвістичні читання „Репресовані мовознавці”, у яких взяли участь провідні науковці країни.
• 2009 р. березень. Виставка творів видатного випускника Ніжинської вищої школи Миколи Гоголя в Музеї рідкісної книги університету, присвячена  200-річчю з дня народження письменника.
• 2009 р. 1 квітня. Урочисте погашення поштової марки, випущеної Укрпоштою з нагоди 200-річного ювілею з дня народження М.В.Гоголя. Покладання квітів до пам’ятників М.В.Гоголя.
• 2009 р. 2 квітня. ІІ Міжрегіональний конкурс студентських команд КВН на „Кубок Гоголя”
• 2009 р. 10 квітня. Відкриття картинної галереї після реекспозиції. Екскурсії до музею М.В.Гоголя, музею Ніжинської вищої школи, музею рідкісної книги.
  Презентація ювілейних видань, присвячених 200-річчю від дня народження М.В.Гоголя
  Урочисті зібрання професорсько-викладацького складу, студентів, співробітників і почесних гостей університету та ювілейний  концерт з нагоди 200-річчя з дня народження Миколи Гоголя.
• 2009 р. 10 – 11 квітня. ІІ літературно-мистецький фестиваль „Четвертий літературний вимір – Гоголівка”
• 2009 р. 29 квітня. На базі Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя відбулася Міжнародна студентська наукова Інтернет-конференції „Повсякденність окупації: „новий порядок” та суспільство окупованих регіонів СРСР у 1941 – 1944 рр.”
• 2009 р. 14 травня. Х Міжнародна конференція „Творча спадщина Миколи Гоголя і сучасний світ”, присвячена 200-літтю з дня народження письменника.
• 2009 р. травень. Молодіжний хор „Світич” Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя відзначив своє 15-річчя святковим концертом.
• 2009 р. 20 – 24 травня . Молодіжний хор „світич” – учасник ХV Міжнародного хорового фестивалю у м. Нансі (Франція)
• 2009 р. жовтень. ІV Міжнародна конференція – „Українська діаспора: погляд із ХХІ століття”, приурочена до 10-річчя створення Центру гуманітарної співпраці з українською діаспорою, що діє на базі університету.
• 2009 р. 12 жовтня. Відбулася зустріч Голови Верховної Ради України Володимира Михайловича Литвина зі студентами, співробітниками та професорсько-викладацьким складом університету.
• 2009 р. жовтень. Факультет іноземних мов святкує 60 років від дня відкриття.
• 2009 р. 26 – 28 листопада V Міжнародна конференція “Знаки питання в історії України: Україна на перехресті цивілізацій”.
• 2009 р. грудень. Міжнародна науково-практична конференція „Актуальні проблеми підготовки фахівців у галузі соціально-педагогічної діяльності”.