Ботанічний музей було створено протягом 1979-1980 рр. за ініціативи професора І.І. Гордієнка, який на той час очолював кафедру ботаніки. Музей створювався на зразок ботанічної експозиції Національного науково-природничого музею НАН України. Багато експонатів музею передала та виготовила власноруч співробітник Ботанічного музею НАН України Л.Д. Морозова, яка на той час навчалася на заочному відділенні нашого університету та здійснювала експедиційні виїзди у різні частини країни.
Роботу по створенню ботанічного музею продовжили лаборанти тодішньої кафедри ботаніки — Н.М. Сипливець та, особливо, Г.В. Гончаренко, яка використовуючи метод об’ємної сушки рослин виготовила численні експонати гербарної колекції. Крім того, Ганна Василівна Гончаренко тривалий час очолювала цей структурний підрозділ кафедри ботаніки.
На сьогодні музей нараховує 17 експозиційних вітрин, у яких представлені різноманітні експонати — гербарні зразки, об’ємний гербарій, муляжі, плоди, насіння рослин, фотографії, схеми, малюнки, цікава текстова інформація про різних представників мікобіоти та фітобіоти.
Експонати музею – прекрасний наочний матеріал для проведення навчальних занять з дисциплін: ботаніка і мікологія (анатомія та морфологія рослин, систематика рослин), загальна екологія, екологія рослин, фітоценологія, географія рослин, навчально-польова практика з біології.
На базі музею студенти виконують курсові проекти, набувають навичок проведення екскурсій.
Ботанічний музей завжди відкритий для гостей. Найчастіше екскурсії проводяться для учнів закладів середньої освіти м. Ніжин. Такі зустрічі підвищують інтерес до вивчення ботаніки, розширюючи їх знання з природничих дисциплін.

Завідувач науково-природничого музею - пров.фахівець Кедров Б.Ю. +380688136814