Наукова діяльність у Ніжинському державному університеті імені Миколи Гоголя ведеться за трьома науковими напрямами (відповідно до Переліку наукових напрямів, за якими проводиться державна атестація закладів вищої освіти в частині провадження ними наукової (науково-технічної) діяльності, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 19.07.2017 р. № 540), а саме:

• Суспільний
• Природничо-математичний
• Гуманітарно-мистецький

Суспільний напрям

Галузі знань: освіта/педагогіка, соціальні та поведінкові науки, журналістика, право, міжнародні відносини, соціальна робота

Кафедри:

• Кафедра педагогіки, початкової освіти, психології та менеджменту
• Кафедра соціальної педагогіки і соціальної роботи
• Кафедра дошкільної освіти
• Кафедра загальної та практичної психології
• Кафедра політології, права та філософії
• Секція журналістика кафедри української мови, літератури, культурології та журналістики
• Секція міжнародні відносини кафедри всесвітньої історії та міжнародних відносин

Лабораторії, центри:

• Спільна навчально-наукова лабораторія когнітивної психології особистості Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя та Інституту психології імені Г. С. Костюка НАПН України
• Навчально-науковий Центр розвитку інклюзивної освіти
• Центр соціально-педагогічних досліджень при кафедрі соціальної педагогіки і соціальної роботи

Природничо-математичний напрям

Галузі знань: математика, природничі науки, біологія

Кафедри:

• Кафедра біології
• Кафедра хімії та фармації
• Кафедра географії, туризму та спорту
• Кафедра інформаційних технологій, фізико-математичних та економічних наук

Лабораторії, центри:

• Навчально-наукова лабораторія з біохімічних та медико-валеологічних досліджень
• Навчально-наукова лабораторія селекції рослин
• Навчально-наукова лабораторія прикладних регіональних досліджень кафедри географії, туризму та спорту
• Освітньо-наукова лабораторія кафедри географії, туризму та спорту
• Науково-навчальна лабораторія інфрачервоної спектроскопії
• Лабораторія синтезу та вивчення властивостей біологічно активних сполук Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя та Інституту біоорганічної хімії та нафтохімії ім. В.П. Кухаря НАН України

Гуманітарно-мистецький напрям

Галузі знань: гуманітарні науки, культура і мистецтво   

Кафедри:

• Кафедра української мови, літератури, культурології та журналістики
• Кафедра всесвітньої історії та міжнародних відносин
• Кафедра історії України
• Кафедра германської філології та методики викладання іноземних мов
• Кафедра прикладної лінгвістики
• Кафедра музичної педагогіки та хореографії
• Кафедра інструментально-виконавської підготовки
• Кафедра вокально-хорової майстерності

Лабораторії, центри:

• Навчальна науково-дослідна археологічна лабораторія
• Центр експериментальних археологічних досліджень при навчальній науково-дослідній археологічній лабораторії
• Лабораторія лінгвокультурології
• Навчально-науковий центр «Польські студії»
• Центр регіонального вивчення культури Полісся імені Г. В. Самойленка
• Навчально-наукова лабораторія мистецької освіти імені О. Я. Ростовського
• Центр гуманітарної співпраці з українською діаспорою
• Гоголезнавчий центр