Наукова діяльність у Ніжинському державному університеті імені Миколи Гоголя ведеться за трьома науковими напрямами (відповідно до Переліку наукових напрямів, за якими проводиться державна атестація закладів вищої освіти в частині провадження ними наукової (науково-технічної) діяльності, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 19.07.2017 р. № 540), а саме:
- Суспільний
- Природничо-математичний
- Гуманітарно-мистецький
Суспільний напрям
Галузі знань: освіта/педагогіка, соціальні та поведінкові науки, журналістика, право, міжнародні відносини, соціальна робота
Кафедри:
- Кафедра педагогіки, початкової освіти, психології та менеджменту
- Кафедра соціальної педагогіки і соціальної роботи
- Кафедра дошкільної освіти
- Кафедра загальної та практичної психології
- Кафедра політології, права та філософії
- Секція журналістика кафедри української мови, літератури, культурології та журналістики
- Секція міжнародні відносини кафедри всесвітньої історії та міжнародних відносин
Лабораторії, центри:
- Спільна навчально-наукова лабораторія когнітивної психології особистості Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя та Інституту психології імені Г. С. Костюка НАПН України
- Навчально-науковий Центр розвитку інклюзивної освіти
- Центр соціально-педагогічних досліджень при кафедрі соціальної педагогіки і соціальної роботи
Природничо-математичний напрям
Галузі знань: математика, природничі науки, біологія
Кафедри:
- Кафедра біології
- Кафедра хімії та фармації
- Кафедра географії, туризму та спорту
- Кафедра інформаційних технологій, фізико-математичних та економічних наук
Лабораторії, центри:
- Навчально-наукова лабораторія з біохімічних та медико-валеологічних досліджень
- Навчально-наукова лабораторія селекції рослин
- Навчально-наукова лабораторія прикладних регіональних досліджень кафедри географії, туризму та спорту
- Освітньо-наукова лабораторія кафедри географії, туризму та спорту
- Науково-навчальна лабораторія інфрачервоної спектроскопії
- Лабораторія синтезу та вивчення властивостей біологічно активних сполук Ніжинського державного університету імені Миколи Гоголя та Інституту біоорганічної хімії та нафтохімії ім. В.П. Кухаря НАН України
Гуманітарно-мистецький напрям
Галузі знань: гуманітарні науки, культура і мистецтво
Кафедри:
- Кафедра української мови, літератури, культурології та журналістики
- Кафедра всесвітньої історії та міжнародних відносин
- Кафедра історії України
- Кафедра германської філології та методики викладання іноземних мов
- Кафедра прикладної лінгвістики
- Кафедра музичної педагогіки та хореографії
- Кафедра інструментально-виконавської підготовки
- Кафедра вокально-хорової майстерності
Лабораторії, центри:
- Навчальна науково-дослідна археологічна лабораторія
- Центр експериментальних археологічних досліджень при навчальній науково-дослідній археологічній лабораторії
- Лабораторія лінгвокультурології
- Навчально-науковий центр «Польські студії»
- Центр регіонального вивчення культури Полісся імені Г. В. Самойленка
- Навчально-наукова лабораторія мистецької освіти імені О. Я. Ростовського
- Центр гуманітарної співпраці з українською діаспорою
- Гоголезнавчий центр
