Офіційною датою заснування музею М. Гоголя в Ніжині вважається 1909 рік, коли урочисто святкували 100-річчя з дня народження автора «Ревізора» і «Мертвих душ». Тоді група професорів Ніжинського історико-філологічного інституту (М.Н. Сперанський, В.І. Рєзанов, П.О. Заболоцький) організували Гоголівську кімнату як початкову форму майбутнього музею.

Під час святкування 125-річчя з дня заснування інституту її відвідали письменники М. Рильський, П. Тичина, В. Сосюра, А. Малишко. Тоді ж було ви­словлено побажання перетворити кімнату на музей Гоголя. Це здійснилося в 1964 році. А 7 липня 1967 року Колегія Міністерства культури УРСР присвоїла йому звання Народного музею.

У 1989 році експозиція музею М. Гоголя була докорінно перероблена. Основний напрям роботи визначився поставленою метою - якнайповніше висвітлити життя видатного письменника та його творчість ніжинського періоду, зв'язки з Чернігівщиною.

2002 року у пам'ять про 150 річницю з дня смерті великого письменника було оновлено експозицію.

У 1821 році у стінах Гімназії вищих наук князя Безбородька з'явився невисокий, хворобливого вигляду, трохи сором'язливий юнак - Микола Гоголь-Яновський, якому через кілька десятиліть судилося стати великим письменником. Сім років свого життя (з 1821 по 1828 pp.) Микола Гоголь присвятив Ніжи­ну та Гімназії.

У музеї знаходяться портрети батька та матері письменника, тут же портрет 12-річного Гоголя, на­писаний художником Д. Варакутою. Серед інших експонатів: фотокопії портретів викладачів та гімна­зистів, програм, навчальних планів, сторінок книг обліку успішності, конспекти та підручники гімна­зистів гоголівських часів.

Особливу цінність становлять книги та фізичні прилади, якими користувалися гімназисти першої половини ХГХ ст. під час навчання. У залі музею - меблі ХТХ ст., дзеркало, які свідчать про особливості інтер'єру того часу, письмовий стіл із двома кріслами, туалетний столик, кабінетна шафа, створені в дусі традицій відомого майстра меблів Шарля Артура Буля.