Наукова і педагогічна діяльність П.М. Никоненка позначена високими відзнаками:  почес¬ним званням «Заслужений працівник народної освіти України», медалями «За доблесну працю», «Ветеран праці», «А.С. Макаренко. За заслуги в галузі освіти та педагогічної науки УРСР», знаками «Відмінник освіти України», «Відмінник освіти СРСР», «За відмінні успіхи в роботі в галузі вищої освіти», почесними грамотами Міністерства освіти і науки України тощо. В 2018 р. за Указом Президента «Про призначення довічних державних стипендій видатним діячам освіти і науки» П. М. Никоненку призначена довічна державна стипендія. Крім професійного досвіду, Петро Макарович має чудові людські якості. Багатий сам духовно, він уміє, здавалось, мимовільно впливати цим на тих, хто його оточує. Він людина багата на щедрість, на душевність і добро для людини. Він - справжній інтелігент: толерантний, уважний, завжди готовий підтримати, прийти на допомогу.

Шановний Петро Макарович, прийміть наші щирі вітання й найкращі побажання з нагоди Вашого ювілею!

Бажаємо Вам миру, міцного здоров’я і життєвих сил, духовної відради у серці та натхнення.